Prototype es un videojuego de acción, en el que la historia gira alrededor de Alex Mercer, un personaje con superpoderes que puede, por ejemplo, convertir sus manos en garras afiladas, escudos y todo tipo de armas. Alex no es en realidad un ser humano, sino un compuesto de material biológico que puede cambiar su forma como él quiera, para crear nuevas armas o, lo que es más interesante, consumir y tomar la forma de otro ser vivo.